奇石的整治，主要是指对刚采到的原石进行表面处理。如一块新挖出来的石头表面既有泥砂，又有钙质包皮，还有浸泡的杂色，苔藓等。有的江河石、海石则附有青苔水垢、海藻贝类等，这些都需要进行表面的整治处理。特别是灵壁石，更需要进行整治。据杜绾写的《云林石谱》介绍，人们多以铁刃遍刮。凡两三次，既露石色，即以黄蓓帚或竹帚兼瓷末刷洗。由此看来，多数奇石在上座之前都需要进行表面的整治清洗和处理。
奇石整治清洗干净后，就可以进入日常养护。日常养护包括对石伤的养护、室外养护和室内养护等。石伤养护主要是指有些奇石在采集过程中，经常出现不小心碰破损伤石肤石肌的事。如果石伤较明显，可先用金刚石或砂纸进行打磨修理，然后再将原石放置于露天经受日晒雨淋，并定期浇水，时间一长石皮就会自然分化，自然变色，直到整块奇石在质感、色感方面完全调和为止，再上座迁入室内观赏。室外养护主要是指有些奇石新采集来后也最好先在室外供养半年左右，并每日浇水一二次，经常翻动日晒面。室内的养护实际上就是对奇石的永久养护。适应水养的奇石可以两天上水一次，使其经常保持湿润而有生气。不宜喷水的奇石也应经常用手摸或用干布擦试，使其保持清洗和逐渐增加包浆程度。除了水养之外，有的人还喜欢用石油养护。石油可以保持石之光泽，避免石肤气化、风化。一般人们使用的保养油有凡士林、油蜡、上光蜡等。但笔者认为，上油或蜡对长期保养来讲弊大于利，应该避免上油蜡。虽然这样做在短期内可以使石之质地、色感更为突出，但是它相对阻隔和妨碍了石头的“呼吸”，堵塞了石头的毛细孔，阻碍石头呼吸空气中的养料，使石头久久不能显得老气。而且上油上蜡后的奇石有一种造作感，掩盖了石头的本来面目。所以，油养不值得提倡。
奇石的价值高低与其出土流传年份有极大关系。时间越久，石头色泽越古朴归真，石体会发出成熟的幽光，这种难以用确切语言描述的石表形象，行话称作“包浆”。石头包浆越凝重越好。包浆的形成，最主要的原因在于长期精心养护自然形成，养护越到位，包浆越凝重。俗语说：“养石即养心。”有奇石置于茶几桌案，在平时喝茶、写作、阅读、看电视的闲暇时经常用双手抚摩，使手气、手润通过毛细作用渗入石肤、石体，久而久之，包浆日渐凝重，石头愈加可爱喜人。
